Zeenergie is een Coöperatieve vereniging, die wordt geleid door een Raad van Bestuur. De Raad van Bestuur wordt gevormd door het dagelijks bestuur en het algemeen bestuur. De bestuursleden doen dit op vrijwillige basis. Tijdens de Algemene ledenvergadering worden de vertegenwoordigers door de leden gekozen voor een periode van vier jaar.
Het dagelijks bestuur wordt gevormd door:
| Voorzitter: | vacant |
| Secretaris | Thijs van Daalen |
| Penningmeester | Douwe Steensma |
| Algemeen bestuurslid | Valentijn van Gorkom |
| Bert Kamsteeg | |
| Rene Sipkes |
